تاريخ تشكيل اداره كل منابع طبيعي استان يزد به سال 1348 بازميگردد.دراين سال اداره منابع طبيعي يزد تابع سرپرستي منابع طبيعي اصفهان درساختماني در محل خيابان فرخي فعلي تاسيس شد.درسال 1352 وبه دنبال تشكيل استان يزداداره منابع طبيعي به سرجنگلداري مستقل استان تغيير نامداد.طي سال هاي 1352 تا 1357 علاوه بر افزايش تشكيلات وپست هاي سازماني كه تا آن موقع عمدتا معطوف به فعاليت هاي حفاظت خاك وتثبيت شن بود .اداره به ساختمان جديد در محل فعلي (خيابان آيت الله كاشاني) منتقل شد.در اين دوره همچنين ادارات منابع طبيعي شهرستان هاي تفت،اردكان،مهريز و بافق به انضمام يك كارگزاري در رباط پشت بادام تاسيس گرديد.بعداز پيروزي انقلاب اسلامي و در سال 1369 سازمان جنگل ها ومراتع كشور از وزارت كشاورزي جدا وبه وزارت جهاد سازندگي ملحق شد.درسال  1379نيز وزارت جهاد كشاورزي تشكيل گرديد كه اداره كل منابع طبيعي استان يزد نيز تابع اين تغييرات قرار گرفت.ازسال 1385 وظايف آبخيزداري نيز به آن واگذار شد واين اداره كل به نام اداره كل منابع طبيعي وآبخيزداري تغيير نام داد.